از نظر ساواک، افرادی چون آیتالله خامنهای از مدرسان روشنفکر و انقلابی حوزههای علمیه تلقی میشدند که ضمن داشتن ارتباط با دانشجویان و جوانان، مروج اندیشههای مبارزاتی امام خمینی و خواستار آگاه ساختن طلاب علوم دینی به مسائل سیاسی و اجتماعی بودند.
آیتالله خامنهای در فروردین ۱۳۵۲ برای تبلیغ عازم نیشابور شد و در مساجد آن شهر سلسله جلسات درس اصول عقاید را که هفتهای یک بار در روزهای سهشنبه برگزار میشد، دایر کرد. در خرداد ۱۳۵۲ ساواک جلسات تفسیرش در مسجد امام حسن (ع) و منزلش را تعطیل کرد. آیتالله خامنهای در آذر ۱۳۵۲ محل اقامه نماز جماعت و جلسات تفسیر خود را به دعوت بانی و واقف مسجد کرامت، به آن مسجد انتقال داد و مسجد یادشده را به کانون فعالیت دانشجویان و طلاب جوان تبدیل کرد. ساواک مشهد در واکنش به فعالیتهای سیاسی گسترده او، او را از اقامه نماز جماعت در آن مسجد باز داشت.
زندان ششم؛ سختترین دوره حبس
در آبان ۱۳۵۳ به دعوت آیتالله محمد مفتح، امام جماعت مسجد جاوید تهران که در آن ایام ممنوعالمنبر شده بود، در آن مسجد به سخنرانی پرداخت. در پی آن ساواک به دستگیری آیتالله مفتح و تعطیلی مسجد جاوید به عنوان یکی از کانونهای مهم مبارزه اقدام کرد. به دنبال آن، منزل آیتالله خامنهای هم در آذرماه همان سال مورد بازرسی ساواک قرار گرفت. ساواک علت بازرسی را، اظهارات وی در جلسهای خصوصی درباره ضرورت ایجاد جمعیتی برای ساماندهی مبارزه و استفاده از فرصتها برای پیشبرد اهداف نهضت اسلامی در مشهد اعلام نمود. درنهایت آیتالله خامنهای در دی ۱۳۵۳ برای ششمین بار دستگیر و این بار به زندان کمیته مشترک ضدخرابکاری در تهران منتقل گردید و به گفته خود دشوارترین و سختترین وضعیت حبس خود را تجربه کرد. او در حبس، اجازه ملاقات نداشت و از وضعیت و محل حبس او اطلاعی به خانوادهاش نیز داده نشده بود.
فعالیتهای منجر به تبعید
او در ۲ شهریور ۱۳۵۴ از زندان آزاد شد، اما تحت مراقبت مأموران امنیتی بود و اقامه جماعت، سخنرانی، تدریس و جلسات تفسیر وی حتی در منزلش ممنوع شده بود؛ اما او بهرغم همه محدودیتهای سیاسی و امنیتی جلسات تفسیر و فعالیتها و اقدامات روشنگرانه انقلابی خود را به صورت مخفیانه پی گرفت و پرداخت شهریه امام خمینی به طلاب علوم دینی را نیز ادامه داد. در اواخر سال ۱۳۵۴ مخفیانه کتاب طرح کلی اندیشه اسلامی در قرآن را با نام مستعار سیدعلی حسینی منتشر کرد. او در خرداد ۱۳۵۵، به دنبال وقوع سیل در قوچان، گروهی را تشکیل داد که از مشهد برای کمکرسانی به مردم سیلزده به آن شهر اعزام شده و با استقرار در مدرسه عوضیه آن شهر به امدادرسانی پرداختند.
در اسناد ساواک گزارشهایی درباره فعالیتهای سیاسی آیتالله خامنهای و پدرش در اواخر سال ۱۳۵۵ در مشهد وجود دارد که به طرفداری از امام خمینی و تبلیغ نهضت اسلامی پرداختهاند. آیتالله خامنهای در محرم ۱۳۹۶/دی ۱۳۵۵ سخنرانیهایی علیه رژیم ایراد کرد و ضمن برگزاری سلسله جلسات مباحثه درباره تبیین فضای فکری ـ فرهنگی، بهویژه برای دانشجویان و جوانان و نیز حضور در جلسات علما و روحانیون تهران روند مبارزه را شدت بخشید. از سوی دیگر، ساواک هم میکوشید برای به دست آوردن مستنداتی علیه او و مبارزان دیگر در آن جلسات نفوذ کند. به دنبال درگذشت علی شریعتی در لندن در ۲۹ خرداد ۱۳۵۶ آیتالله خامنهای در بزرگداشت و مراسم ترحیم وی حضور داشت. این حضور او به دلیل آشنایی و ارتباط دیرینهاش با شریعتی و پدرش بود.
تبعید به ایرانشهر
به دنبال درگذشت آیتالله سید مصطفی خمینی در اول آبان ۱۳۵۶ در نجف اشرف، آیتالله خامنهای به همراه برخی از مبارزان مراسم ختمی در ۶ آبان در مسجد ملاهاشم برپا کرد. همان ایام به همراه عدهای از علمای مشهد تلگراف تسلیتی به امام خمینی در نجف مخابره کردند. با درگذشت آیتالله سید مصطفی خمینی و تحولاتی که در پی آن پدید آمد، نهضت اسلامی وارد مرحله نهایی خود شد و حرکتهای جدی برای پیروزی انقلاب آغاز گردید. رژیم پهلوی هم در واکنش به این فعالیتها، بهرغم اعلام سیاست فضای باز سیاسی، با سرکوب و خفقان فعالیتهای مبارزان را محدودتر کرد. به دنبال اجرای این سیاست، برخی از مبارزان سرشناس به تبعید محکوم شدند که آیتالله خامنهای هم در زمره آنان بود. او از سوی کمیسیون امنیت اجتماعی خراسان به سه سال تبعید در ایرانشهر محکوم گردید و مأموران ساواک در آذر ۱۳۵۶ به منزل او یورش برده و او را دستگیر و به ایرانشهر انتقال دادند. هدف رژیم از این اقدام، قطع ارتباط او با مردم و مبارزان و به دنبال آن، عدم توفیق وی در امر مبارزه و افشاگری علیه حکومت بود؛ اما وی به علت تعامل با اهل تسنن اشتهار و محبوبیتی در میان مردم ایرانشهر یافت و با بهرهگیری از این فرصتها پیام انقلاب را به مردم دورترین نقاط کشور رساند. سخنرانیهای او در مسجد آلرسول ایرانشهر و رفت و آمد علما و روحانیون مبارز، نیروهای انقلابی و اقشار مختلف مردم به منزل او، عوامل امنیتی را بر آن داشت که فعالیتهای او را محدود سازند و از رفت و آمد مردم ممانعت به عمل آورند.
او در فروردین ۱۳۵۷ در پی کشتار مردم در یزد، در نامهای به آیتالله محمد صدوقی این اقدام وحشیانه رژیم پهلوی را محکوم کرد و ضمن ترغیب مردم به ادامه مبارزه، یاد شهدای آن حادثه را گرامی داشت. این نامه به صورت اعلامیه در سراسر کشور پخش گردید. وقوع سیل در ایرانشهر در ۱۱ تیر ۱۳۵۷ موقعیتی فراهم آورد تا آیتالله خامنهای با توجه به تجربیات پیشینش، مدیریت تنها گروه امدادی را عهدهدار شود. وی با هماهنگیهایی که با روحانیون شهرهای مختلف ازجمله یزد و مشهد داشت، توانست کمکهای مردمی را از اقصا نقاط ایران جذب و در بین سیلزدهها تقسیم کند. آیتالله خامنهای در دوران تبعید ارتباط خود را با مبارزان و علمای تراز اول مبارزه در شهرهای ایران حفظ کرد و پیوسته مکاتباتی درباره نهضت اسلامی با آنان داشت و از این طریق در جریان بسیاری از حوادث و رخدادها قرار میگرفت و با نامهنگاریهای گوناگون در بسیاری از تصمیمگیریهای جمعی علما مشارکت میکرد.
تبعید به جیرفت
با اوجگیری انقلاب اسلامی در آستانه ماه رمضان، ۲۸ شعبان ۱۳۹۸/ ۲۸ تیر ۱۳۵۷، شماری از طلاب حوزه علمیه مشهد به ادامه تبعید آیتالله خامنهای اعتراض و خواستار بازگشت وی به مشهد شدند که به دخالت مأموران انتظامی انجامید. گسترش فعالیتهای انقلابی و مردمی آیتالله خامنهای در راستای جهتدهی و ساماندهی مبارزه در ایرانشهر و مناطق و شهرهای اطراف از یکسو و محبوبیت و نفوذ روزافزون وی در میان اقشار مختلف مردم آن سامان از سوی دیگر، مقامات امنیتی را بر آن داشت تا محل تبعید وی را به جیرفت که در مقایسه با ایرانشهر دورافتاده و دارای محدودیتهای بیشتری بود، تغییر دهند. لذا وی در مرداد به جیرفت انتقال یافت. مبارزات سیاسی آیتالله خامنهای در جیرفت هم متوقف نماند و او از همان آغاز ورود به آن شهر با سخنرانی در مسجد جامع به افشاگری علیه حکومت پهلوی پرداخت. یکی از سخنرانیها که در شهریور ۱۳۵۷ صورت گرفت، به برپایی تظاهرات و سردادن شعارهای انقلابی توسط مردم منجر شد. این اتفاق زمانی روی داد که هنوز تظاهرات و راهپیمایی در شهرهای کوچک معمول نشده بود. او در شمار روحانیون تبعیدیای بود که در نامهای به آیتالله سید عبدالحسین دستغیب، ضمن تشریح حوادث کشور و ذکر جنایات رژیم پهلوی در شیراز، مشهد، اصفهان و جهرم راهکارهایی را برای تداوم نهضت اسلامی تا سرنگونی حکومت پهلوی ارائه دادند. وی در این دوره، مخفیانه عازم کهنوج شده، سخنرانیهای افشاگرانهای ایراد کرد.
بازگشت به مشهد
با گسترش مبارزات مردمی و ازهمگسیختگی ارکان رژیم و ناتوانی آن در مهار روند انقلاب، آیتالله خامنهای در اول مهر ۱۳۵۷ از جیرفت به مشهد مراجعت کرد و در آنجا فعالیتهای خود را در امر ساماندهی امور انقلاب و تشدید روند مبارزه و پیگیری مسائل گوناگون نهضت ادامه داد. در ایام اقامت امام خمینی در فرانسه، با ارسال تلگرافی به همراه برخی از روحانیون مبارز مشهد، اقامت موقت امام در فرانسه را عاملی برای پدید آمدن موجی از امید و تصمیم و قاطعیت در دل مردم و نشانی از عزم و اراده راسخ امام در راه نجات امت مسلمان ایران عنوان کرده و از ایشان تقاضا کردند دستورات لازم را برای ادامه مبارزه صادر کند. در پایان نیز خواستار بازگشت امام خمینی به ایران شدند. فعالیتهای مبارزاتی آیتالله خامنهای در مشهد در مدت اندکی شتاب بیشتری به خود گرفت و او ضمن سازماندهی حرکتها و تظاهرات مردمی، سخنرانیهای افشاگرانهای را در اجتماعات مردم مشهد ایراد کرد. در عین حال با بیت امام و دیگر مبارزان در ارتباط و مشورت دائم بود. پیرو همین ارتباط بود که سید احمد خمینی در ۱۰ آبان ۱۳۵۷ از پاریس با آیتالله صدوقی تماس گرفت و تمایل امام خمینی برای ملاقات با وی و آیتالله خامنهای را اعلام کرد. آیتالله خامنهای در شمار روحانیونی بود که با سخنرانی در ورزشگاه سعدآباد مشهد در اجتماع بزرگ فرهنگیان آن شهر خواستار بازگشت امام خمینی و تشکیل حکومت اسلامی شد. او در آخرین روزهای آبان همراه با سید عبدالکریم هاشمینژاد با عزیمت به شهرستانهای قوچان، شیروان و بجنورد و برپایی جلسات سخنرانی به تقویت جریان انقلاب در آن شهرها همت گماشت. فعالیتهای روزافزون و تأثیرگذار آیتالله خامنهای در مشهد، مقامات امنیتی رژیم پهلوی را بر آن داشت که ایشان را دستگیر نمایند. در گزارشهای ساواک از آیتالله خامنهای به عنوان یکی از پرچمداران برجسته انقلاب در خراسان نام برده شده است.
سخنرانی عاشورای ۵۷ در حرم امام رضا
وی در آذر ۱۳۵۷ همزمان با تاسوعا و عاشورای حسینی سخنرانی پرشوری در اجتماع بزرگ راهپیمایان مشهد ایراد کرد و خطبه شب عاشورا را در حرم مطهر امامرضا (ع) به نام امام خمینی خواند و با این اقدام انقلابی تابوی سنتی حکومت پهلوی را که تا پیش از آن، مراسم مذکور را به صورت تشریفاتی و با دعا برای محمدرضا پهلوی اجرا میکرد، در هم شکست. همچنین او در روز عاشورا تظاهرات عظیم مردم مشهد را ساماندهی کرد و در اجتماع بزرگ آنان به سخنرانی پرداخت. وی در شمار روحانیونی بود که در آذر در اعتراض به حمله مأمورین رژیم پهلوی به بیمارستان شاه رضای مشهد (امام رضا (ع) کنونی) برنامه تحصن در بیمارستان مزبور را مطرح کرد. در مسیر حرکت آنان برای تحصن بسیاری از مردم نیز به آنان پیوستند و در شمار متحصنین قرار گرفتند. متحصنین با صدور اعلامیهای ضمن تشریح جنایات عوامل حکومت پهلوی، مجازات آنان را خواستار شدند و بر سرنگونی حکومت پهلوی و بازگشت امام خمینی تأکید کردند. این اقدام آنان بازتاب گستردهای یافت و اعلامیههای متعددی در همبستگی و حمایت از آنها در سراسر ایران منتشر شد.
تظاهرات ۹ دی 1357 مشهد
آیتالله خامنهای در ۹ دی ۱۳۵۷ به همراه عدهای از علمای مبارز مشهد پیشاپیش جمعیت انبوهی از مردم به منظور همراه ساختن کارکنان استانداری خراسان با جریان انقلاب به سوی ساختمان استانداری حرکت کردند؛ اما علیرغم تلاشهای مسالمتآمیز آنها نیروهای انتظامی مستقر در استانداری به سوی مردم آتش گشودند. به دنبال آن جمعیت تظاهرکننده به خیابانها ریخته و برخی ساختمانها و مراکز دولتی را به آتش کشیدند. شب حادثه، علمای مشهد ازجمله آیتالله خامنهای با تشکیل جلسهای کوشیدند مانع درگیری و کشتار بیشتر مردم در روز بعد بشوند، ولی عوامل رژیم پهلوی با قتلعام مردم تظاهرکننده فاجعه یکشنبه خونین ۱۰ دی ۱۳۵۷ را به بار آوردند. به دنبال وقوع این حوادث، آیتالله خامنهای به همراه عدهای از روحانیون مبارز مشهد در محکومیت این حادثه و تداوم نهضت اعلامیهای صادر کردند.
عضویت در شورای انقلاب
با شتاب گرفتن روند فروپاشی حکومت پهلوی و نمایان شدن نشانههای پیروزی نهایی نهضت اسلامی، امام خمینی در دی ۱۳۵۷ فرمان تشکیل شورای انقلاب اسلامی را صادر کردند. آیتالله خامنهای که از سوی امام به عضویت آن شورا انتخاب شده بودند با نقش محوری که در تحولات انقلاب اسلامی در مشهد داشت، این شهر را ترک و در اواخر دی ۱۳۵۷ به تهران آمد و در مدرسه رفاه مستقر شد و همگام با دیگر مبارزان، بهویژه آیات بهشتی، مطهری و مفتح برای تدارک مرحله نهایی پیروزی انقلاب اسلامی و برنامهریزی برای آینده، نقش فعالی برعهده گرفت. پس از تشکیل کمیته استقبال از امام خمینی توسط شورای انقلاب اسلامی مسئولیت کمیته تبلیغات آن را عهدهدار شد.
تحصن در مسجد دانشگاه تهران
به دنبال بسته شدن فرودگاههای کشور به دستور بختیار و ممانعت از بازگشت امام خمینی به ایران، آیتالله خامنهای به همراه آیتالله بهشتی و چند تن از روحانیون مبارز سرشناس در اعتراض به این اقدام دولت، در مسجد دانشگاه تهران تحصن عظیمی را ساماندهی کردند که با پیوستن سایر علما، دانشگاهیان و مردم ابعاد وسیعی به خود گرفت. شب قبل از آغاز تحصن، آیتالله بهشتی در بهشتزهرا سخنرانی کرد و آیتالله خامنهای قطعنامهای را که خود تهیه کرده بود برای مردم قرائت نمود و با این برنامه تحصن روز بعد در مسجد دانشگاه تهران قطعیت یافت. آیتالله خامنهای در طول تحصن با تشکیل ستادی و با مشارکت برخی از مبارزین متحصن به اقداماتی دست زدند که عمدهترین آنها انجام سخنرانی، انتشار اعلامیه و انتشار نشریهای به نام «تحصن» بود. متحصنان در روز هشتم بهمن با صدور اعلامیهای تأکید کردند تا باز شدن فرودگاهها به روی امام خمینی به تحصن خود ادامه خواهند داد. این تحصن که تا صبح روز 9 بهمن ادامه یافت، مسجد دانشگاه تهران را به کانونی تأثیرگذار در روند مبارزه تبدیل کرد. در لحظه تاریخی ورود امام خمینی به میهن در بهمن ۱۳۵۷ آیتالله خامنهای، به همراه علما، روحانیون و مبارزان اسلامی برای استقبال از امام خمینی در فرودگاه مهرآباد حضور یافت. در طول دهه فجر انقلاب اسلامی، آیتالله خامنهای همواره در کنار امام خمینی بود و در بسیاری از امور به ایشان مشورت میداد و همچنین مسئولیت کمیته تبلیغات دفتر امام را با هدف مقابله با توطئههای خبری و تبلیغاتی مخالفان داخلی و خارجی حکومت اسلامی، مقابله با فرصتطلبیهای احزاب و گروههای گوناگون سیاسی، تنظیم و انتشار اخبار و انتشار نشریهای به نام «امام» بر عهده داشت. خود نیز چند مقاله نوشت و در آن نشریه منتشر کرد.
دهه اول انقلاب اسلامی: بهمن ۱۳۵۷ – خرداد ۱۳۶۸
یکی از نخستین عرصههای نقشآفرینی آیتالله خامنهای در روند تکوین نظام جمهوری اسلامی، عضویت و فعالیت در شورای انقلاب بود. این شورا پس از مهاجرت امام خمینی به فرانسه در مهر ۱۳۵۷ و ظهور نشانههای پیروزی انقلاب اسلامی و ورود نهضت اسلامی به مرحله انقلاب با نظر امام خمینی از اوایل آبان شکل گرفت و اعضای آن توسط امام خمینی بهتدریج انتخاب شدند، اما به لحاظ رعایت ملاحظات مختلف بهصورت رسمی در آستانه پیروزی انقلاب در دی ۱۳۵۷ اعلام گردید. نخستین اعضای شورا آقایان مرتضی مطهری، سید محمد حسینی بهشتی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی، محمدرضا مهدوی کنی، سیدعلی خامنهای و محمدجواد باهنر و اکبر هاشمی رفسنجانی بودند. در ادامه کار شورا نیز افراد دیگری به عضویت آن درآمدند. آیتالله خامنهای در اواخر دیماه در این جلسات حضور پیدا کرد. شورا در این مقطع، تصمیمگیریهای مهم در مورد مبارزه را برعهده داشت. ازجمله آنها مذاکره با مقامات حکومت پهلوی و مقامات کشورهای خارجی، ازجمله آمریکا و نیز تشکیل کمیته استقبال از امام خمینی بود. اقدام مهم دیگر شورای انقلاب در مقطع قبل از پیروزی، معرفی مهدی بازرگان به عنوان رئیس دولت موقت به امام خمینی بود. پس از پیروزی انقلاب آنچه برعهده شورای انقلاب قرار داشت عبارت بود از: قانونگذاری در غیاب قوه مقننه، انجام بخشی از وظایف قوه مجریه پس از ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در تیر ۱۳۵۸ و انجام همه آن پس از استعفای دولت موقت در آبان ۱۳۵۸ تا پس از آن. در کنار این وظایف اصلی، مرجعی برای رفع معضلات و بحرانهای پیشِ رویِ نظام نوپای جمهوری اسلامی و مشاوره برای امام نیز بود. به رغم تغییر چندینباره ترکیب اعضای شورای انقلاب در ادوار چهارگانه آن تا پایان فعالیتش در ۲۹ تیر ۱۳۵۹ آیتالله خامنهای عضو ثابت آن باقی ماند. ایستادگی در برابر نظرات و مواضع جهتدار اعضای موسوم به «لیبرال» شورا، هشدارهای مکرر نسبت به ضرورت جلوگیری از نفوذ اعضا و هواداران حزب توده ایران و دیگر احزاب و گروههای مخالف انقلاب اسلامی در ارتش و عرصه فرهنگ کشور از مواضع مهم وی در جلسات و تصمیمات شورا بود. او معتقد بود که در شورای انقلاب باید از اقشار گوناگون جامعه نمایندهای حضور داشته باشد. مسائل کردستان، سیستان و بلوچستان و دیگر مناطق کشور و ضرورت حفظ وحدت از دیگر موضوعات مهم و مورد توجه وی در شورای انقلاب بود. او بر این عقیده بود که دولت موقت در قضیه کردستان ضعف نشان داده و باید آن را از راههای مختلف حل کرد و از سرایت آن به سایر مناطق قومی کشور جلوگیری نمود. در مورد منطقه سیستان و بلوچستان نیز براساس از تجربه حضورش در زمان تبعید و اطلاع از اوضاع سیاسی و اجتماعی آن منطقه، بر بهبود وضع اقتصادی و معیشتی مردم آن دیار تأکید داشت. در این زمینه در ۹ فروردین ۱۳۵۸ از سوی امام خمینی مأموریت یافت در رأس هیأتی عازم آن منطقه شود تا به درخواستها و مشکلات مردم رسیدگی و در مورد وضعیت آن منطقه گزارشی تهیه کند. در این سفر، افزون بر مأموریت یادشده، با برخی از سران و متنفذین محلی منطقه دیدار و سیاستهای نظام جمهوری اسلامی را برای آنها تشریح و تبیین کرد. حمایت از تأسیس و تقویت نهادهای انقلابی و مردمی چون سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و جهاد سازندگی از دیگر مواضع اصولی وی در شورای انقلاب بود.
معاونت امور انقلاب وزارت دفاع ملی
با ادغام دولت موقت و شورای انقلاب در آخر تیر ۱۳۵۸ برخی اعضای شورای انقلاب از سوی آن شورا به برخی از وزارتخانههای حساس راه یافتند و از آن جمله آیتالله خامنهای به معاونت امور انقلاب وزارت دفاع انتخاب گردید. همچنین در جریان ادغام شورای انقلاب و دولت موقت که با هدف تمرکز بیشتر در قوه مجریه صورت گرفت ایشان به عضویت کمیسیون وزرای امنیتی که سرپرستی و مسئولیت کلیه امور انتظامی، نظامی و امنیتی، ازجمله بحرانهای گنبد، کردستان و خوزستان و مقابله با اقدامات احزاب و گروههای ضدانقلاب را بر عهده داشت، انتخاب گردید.
سرپرستی سپاه پاسداران
از دیگر مأموریتهای وی از طرف شورای انقلاب، مسئولیت مرکز اسناد و نیز سرپرستی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در ۳ آذر ۱۳۵۸ بود. وی قبل از این نیز به نمایندگی از سوی شورای انقلاب در برخی جلسات سپاه پاسداران شرکت میکرد. علت انتخاب او به سرپرستی سپاه، باقی ماندن پارهای اختلافات در بدنه و سازمان سپاه بود که در ماههای پس از پیروزی انقلاب اسلامی شکل گرفته بود و با تلاشهای میانجیگرانه به نتیجه نرسیده بود. وی که از حامیان نیروهای نظامی مردمی، بهویژه سپاه بود، در مدت حضور در رأس آن نیرو سعی کرد علاوه بر رفع اختلافات موجود، سازمان مناسبی بدان بدهد. او در ۵ اسفند ۱۳۵۸ از مسئولیت سرپرستی سپاه به دلیل نامزدی در انتخابات نخستین دوره مجلس شورای اسلامی استعفا داد.
تأسیس حزب جمهوری اسلامی
آیتالله خامنهای در ایام منتهی به پیروزی انقلاب اسلامی و پس از آن، همزمان با حضور مؤثر در شورای انقلاب و تمشیت امور انقلاب در دوره گذار، به همراه سید محمد حسینی بهشتی، اکبر هاشمی رفسنجانی، سید عبدالکریم موسوی اردبیلی و محمدجواد باهنر برای ایجاد تشکلی انقلابی فعالیت میکرد. این تشکل با نام حزب جمهوری اسلامی در ۲۹ بهمن ۱۳۵۷ رسماٌ اعلام موجودیت کرد اما پایههای تأسیس آن به جلساتی در مشهد در تابستان ۱۳۵۶ برمیگردد که در آن برخی از مبارزان ازجمله مؤسسین بعدی حزب جمهوری اسلامی درصدد تشکیل مجمع و سازمان متشکلی برای فعالیت بر ضد حکومت پهلوی و توسعه اندیشه اسلامی بودند. بر این مبنا حزب در دوره فعالیت غیررسمی خود در ماههای منتهی به پیروزی انقلاب نقش مؤثری در برگزاری اجتماعات و سخنرانیها بر عهده داشت که فعالیت آیتالله خامنهای در این زمینه قابل ملاحظه بود.
از دلایل تأسیس حزب جمهوری اسلامی میتوان به پر کردن خلأ ناشی از فقدان تشکیلات منظم و روزآمد برای صیانت و حمایت از نظام نوپای جمهوری اسلامی، کمک به تداوم انقلاب و حفظ یکپارچگی و حضور مردم در صحنه، پیریزی بنیانهای اساسی نظام جمهوری اسلامی، صیانت از محوریت نقشآفرینی امام خمینی در دوران پس از انقلاب، تعمیق اندیشه اصیل اسلامی در اذهان مردم، هدایت لحظه به لحظه سیاسی مردم، کمک برای تأمین نیروی انسانی دستگاههای اجرایی برای تحقق اهداف انقلاب اسلامی، موضعگیری صریح و صادقانه در برابر ترفندها و فریبهای دشمنان داخلی و خارجی اشاره کرد. وی از تهیهکنندگان مرامنامه حزب بود. در تقسیمبندی وظایف اعضا نیز وظیفه تبلیغات حزب را برعهده گرفت. ایشان عضو مؤسس و عضو شورای مرکزی حزب بود و درمجموع در دوره تأسیس حزب بیشتر نقش تبیینی ایفا کرد و مواضع حزب را به صورت گفتارها و جزوههایی ارائه نمود. او در تأسیس شعبه حزب در مشهد نقش داشت و دفتر آن شعبه را در اسفند ۱۳۵۷ افتتاح کرد.
دبیر کلی حزب جمهوری اسلامی
پس از آیتالله بهشتی و دکتر باهنر ـ اولین و دومین دبیرکل حزب ـ آیتالله خامنهای در شهریور ۱۳۶۰ از سوی شورای مرکزی حزب به عنوان سومین دبیرکل حزب انتخاب شد. در سالهای پس از پیروزی انقلاب تا زمان تثبیت نظام جمهوری اسلامی در دهه ۱۳۶۰، حزب جمهوری اسلامی به مثابه رکن مهمی از حاکمیت خارج از ساختار سیاسی رسمی فعالیت میکرد و مقوم پایههای نظام جمهوری اسلامی بود. ایشان حزب جمهوری اسلامی را نهادی ضروری جهت حفاظت از کلیت نظام نوپای جمهوری اسلامی میدانستند. نخستین کنگره حزب در اردیبهشت ۱۳۶۲ برگزار و آیتالله خامنهای برای دومین بار به دبیرکلی حزب و عضویت شورای مرکزی و شورای داوری حزب انتخاب شد. وی در طول دوران ریاست جمهوری در جلسههای حزب جمهوری اسلامی در تهران و شهرستانها شرکت میکرد و ضمن تبیین مأموریتها و اهداف حزب، به پرسشهای دفاتر، شعب و اعضای حزب پاسخ میداد. ایشان همزمان با دوره دوم ریاست جمهوری نیز دبیرکلی حزب جمهوری اسلامی را بر عهده داشت. در این دوره فعالیتهای حزب به دلایل مختلف، ازجمله: رفع بحرانهای سالهای اولیه انقلاب، تأسیس نهادها و سازمانهای مورد نیاز جمهوری اسلامی که حزب در تأسیس، تقویت و رشد آنها نقش مؤثری داشت، اشتغال شخصیتهای محوری حزب ازجمله آیتالله خامنهای و هاشمی رفسنجانی در مشاغل مهم نظام در کنار فقدان برخی از بنیانگذاران مؤثر آن، نارضایتی امام خمینی از تبدیل حزب از عامل وحدتبخش به عامل تفرقه و تشدید جناحبندیها در درون حزب، کاهش یافت و دیگر کارایی سالهای اولیه خود را نداشت. لذا آیتالله خامنهای و هاشمی رفسنجانی در اوایل خرداد ۱۳۶۶ با نگارش نامهای به امام خمینی و ذکر دلایل یادشده، به ویژه پیدایش و تشدید جناحبندی در درون حزب و خطر آن برای وحدت و انسجام جامعه، خواستار تعطیلی فعالیتهای آن شدند. امام خمینی نیز در ۱۱ خرداد ۱۳۶۶ با این درخواست موافقت کرد و متعاقب آن فعالیتهای حزب تعطیل شد.
امامت جمعه تهران
امام خمینی در دی ۱۳۵۸ آیتالله خامنهای را با اشاره به حسن سابقه و شایستگی در علم و عمل به امامت جمعه تهران منصوب کردند. ایشان نخستین نماز جمعه را در ۲۸ دی ۱۳۵۸ امامت کردند. از این تاریخ تا واقعه ۶ تیر ۱۳۶۰ که در مسجد ابوذر تهران به ایشان سوء قصد و بر اثر آن به شدت مجروح گردیدند، بهجز مقطع بهمن تا ۶ اسفند ۱۳۵۹ که در جریان سفری تبلیغی در هندوستان به سر میبرد، نماز جمعه تهران را اقامه کردند. پس از آن نیز همواره این سمت را بر عهده داشت. اقدام مهم و ابتکاری وی در مورد نماز جمعه، پیشنهاد برگزاری سمینارهای ائمه جمعه به منظور انسجام شبکه امامان جمعه در داخل کشور و جهان اسلام بود که پس از موافقت امام خمینی، نخستین سمینار در مدرسه فیضیه قم برگزار شد و پس از آن سمینارهای متعددی نیز برگزار شد. وی در خطبههای نماز جمعه به عنوان یک تریبون اثرگذار، مهمترین و قاطعترین مواضع اصولی و راهبردی نظام جمهوری اسلامی را ارائه کرده و همچنین، به تعمیق اندیشه دینی و بینش و بصیرت سیاسی جامعه پرداخته است. اهتمام به خطبههای عربی نیز که مخاطب آن مسلمانان جهان اسلام بود، از ویژگیهای خطبههای ایشان بود.
نمایندگی در مجلس شورای اسلامی
آیتالله خامنهای پس از نامزدی برای انتخابات نخستین دوره قانونگذاری مجلس شورای اسلامی در اسفند ۱۳۵۸، از سوی ائتلاف بزرگ نیروهای خط امام شامل جامعه روحانیت مبارز تهران، حزب جمهوری اسلامی و چندین سازمان و گروه اسلامی دیگر در انتخابات مجلس شورای اسلامی حمایت شد و از حوزه انتخابیه تهران وارد مجلس شد. در مجلس، عضو و رئیس کمیسیون امور دفاعی بود. در مدت ریاست ایشان طرحها، لوایح و موضوعات متعددی در آن کمیسیون بررسی شد که از مهمترین آنها میتوان تأمین نیازمندیهای استخدامی سپاه پاسداران، ادغام سازمان بسیج مستضعفین در سپاه پاسداران، مسئله کردستان، مسائل مرزی، مسئله بلوچستان و سازماندهی نوین ارتش را نام برد. از موضعگیریهای مهم وی در طول نمایندگی میتوان به صحبتهای مهم و مستند او در موافقت با طرح عدم کفایت سیاسی بنیصدر برای ریاست جمهوری اشاره کرد. با آغاز جنگ ایران و عراق در ۳۱ شهریور ۱۳۵۹ و به سبب حضور در جبهههای جنگ، در جلسات مجلس شورای اسلامی کمتر حضور یافت و پس از جراحت شدید در ۶ تیر ۱۳۶۰ در موارد معدود در آن حاضر شد. با انتخاب به مقام ریاست جمهوری در مهر ۱۳۶۰ قوه مقننه را ترک گفت.